本獎項採推薦制每單位最多推薦4件團隊獎項及2件個人獎項；惟具農業或生物資源相關學院之大學最多可推薦6件團隊獎項及2件個人獎項，曾獲政府辦理之相關農業科技獎項之同一研究成果者，不得申請相關獎項；已獲國家農業科學獎傑出團隊、優選團隊及佳作團隊主題者，不得申請同類別獎項；已獲國家農業科學獎潛力新秀者，不得申請個人獎項，被推薦之科研成果團隊，其代表人之貢獻度應達25％以上，且其代表人應為現職人員，俟所推薦之科研成果獲選後，代表接受表揚及受獎。
被推薦參選個人獎項者，為致力於原創性之農業科學研究，年齡限45歲以下(以報名截止日為準，即69年8月1日後出生)具研究專任職務，且為現職人員，以3年內一件具代表性之科研成果及5年內個人成就評選，獲選後須接受表揚及受獎。
國家農業科學獎，由本會產業主管機關(單位)及所屬試驗研究機構、國內大專校院、中華民國農學團體相關學會(附件1，未含台灣農學會)各自推薦對臺灣農業之前瞻創新、社經發展、產業領航及環境永續等具有潛能或傑出科研成果之團隊。
三、頒獎及表揚：
(一)團隊獎項：
- 傑出團隊：依參賽4類每類別遴選至多1項，頒發獎座乙份暨獎勵金新臺幣20萬元。
- 優選團隊：依參賽4類每類別遴選至多1項，頒發獎座乙份暨獎勵金新臺幣15萬元。
- 佳作團隊：依參賽4類每類別遴選至多1項，頒發獎座乙份暨獎勵金新臺幣10萬元。
(二)個人獎項：
潛力新秀：依參賽4類每類別遴選至多1項，並應提供佐證。頒發獎狀乙紙、獎座乙份暨獎勵金新臺幣5萬元。
(三)表揚活動：預定114年11月於農業部(100台北市中正區南海路37號)5樓大禮堂辦理。
四、報名期間：計畫公告日起至114年7月31日(星期四)止，以掛號郵寄(郵戳為憑)。
五、受理單位：社團法人台灣農學會（106018臺北市大安區溫州街14號2樓）。